मीनाक्षी अम्मन मंदिर की पौराणिक कथाएँ उतनी ही भव्य हैं जितना कि इसका वास्तुशिल्प। यहाँ की मुख्य कथा देवी मीनाक्षी (पार्वती का अवतार) और भगवान सुंदरेश्वर (शिव का अवतार) के विवाह और प्रेम के इर्द-गिर्द घूमती है। कथाओं के अनुसार, मदुरै के राजा मलयध्वज पांड्य और उनकी रानी कंचनमाला की कोई संतान नहीं थी। उन्होंने पुत्र प्राप्ति के लिए एक विशाल यज्ञ किया। यज्ञ की अग्नि से एक तीन साल की बच्ची प्रकट हुई। अनोखी बात उस बच्ची के तीन स्तन थे। राजा-रानी यह देखकर घबरा गए, लेकिन एक आकाशवाणी हुई कि जब वह अपने भावी पति से मिलेगी, तो उसका तीसरा स्तन अपने आप गायब हो जाएगा।